Die Orchesterarbeit wird von den Mitgliedern selbst organisiert. Das Orchester engagiert sich seinen Dirigenten selbst und wählt anhand von Vorschlägen der Mitglieder das Programm aus. Mitglieder des Jungen Sinfonieorchester sind zunächst alle aktiven Musiker. Als eingetragener Verein finanziert sich das Orchester u.a. über einen Semesterbeitrag (derzeit 15,- Euro), den die Mitglieder zu entrichten haben. Am Anfang jedes Semesters findet eine Mitgliederversammlung statt, in der über alle wichtigen organisatorischen Fragen entschieden wird. Hierbei wird für die Dauer eines Jahres ein Vorstand gewählt, der alle organisatorischen Aufgaben koordiniert.